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日本的水质污染与其工业的发展分不开。战后日本经济高速增长时期重点发展重化工业，它们排出的废水中含有大量的重金属、毒泥、多氯联苯、油和酚等，严重地污染了水质。工业废水的重金属主要是汞、镉等，它们经过生态系统食物链的富集，成千上万倍地在生物体内积累起来，这些生物体被鱼吞食后又在鱼体内进一步浓缩、富集，人们一旦食用了这些水产品就会慢性中毒。
水俣病
水俣是日本九州南部的一个小镇，属熊本县管辖。全镇有居民4万人，周围村庄还住着1万多农民和渔民。其西面是鱼产丰富的不知火海和水俣湾，因而渔业兴旺。1925年日本氮肥公司在此建厂，生产氮肥、醋酸乙烯、氯乙烯等，随着该企业的不断发展，给当地人民带来的灾难也开始降临。1950年在水俣湾附近的小渔村中，出现了一些疯猫，它们步态不稳、惊恐不安、抽筋麻痹，最后跳入水中溺死，被当地人称为“自杀猫”。当时这种狂猫跳海奇闻并未引起人们的关注。1953年在水俣镇出现了一个生怪病的人，开始只是口齿不清、步态不稳、面部痴呆，后来发展到耳聋眼瞎、全身麻木，最后神经失常，时而酣睡，时而无比兴奋，体如弯弓，高叫而死。1956年4月，一个6岁女孩因同样症状送入医院，初步诊断为脑系科疾癍，同年5月，又有4个同样病人入院就医，另外还有50多名患者没入院，这时才引起人们的关注。当地的熊本大学医学院与市医师会和医院组成水俣怪病对策委员会开展调查。在调查中把疯猫和怪病人联系起来分析，确认这是由日氮公司水馔工厂排出的废水引起的。因为，该工厂在生产氯乙烯、醋黢乙烯时，采用低成本的汞催化剂(氯化汞和硫酸汞)工艺，把大量含有甲基汞的毒水废渣排入水俣湾和不知火海，殃及海申鱼虾。当地居民常年食用这种受污染的海产后，大脑和神经系统受到损伤，具体病症表现为眼神呆滞、常流口水、手足颤抖不已，发作起来即狂蹦乱跳。这是一种不治之症，轻者终生残疾，重者死亡。因这种怪病发生在水俣地区，故称为“水俣病”。
“水俣病”给人们带来无穷的灾难。首当其冲的是捕渔业。因为鱼有毒，居民不敢食用，企业开始倒闭，成千上万渔民被迫加入失业队伍。1958年春厂方为掩人耳目，将毒水排入水俣镇的北部，造成新的污染区。六七个月后，在那里又出现了18个汞中毒病人。当地居民要求政府调查此事，但厂方百般阻挠，地方当局态度暖昧，以致水俣病在日本各地迅速蔓延。1963年，日本西海岸的阿贺野川流域下游的新渴县内，出现大批的“自杀猫”、“自杀狗”。1964年8月当地猫的90％以上都“自杀”了，随之有死猫的居民也相继出现水俣病症状。短期内患者增加到45人，其中5人死亡，他们都是食用阿贺野川鱼最多的。这一事件是由昭和电器公司鹿濑工厂排放含汞废水引起的，因病症和“水俣病”相同，因此被称为“第二水俣病”。据1972年日本环境厅公布，日本熊本县水俣湾与新澙县阿贺野川两个地区共有汞中毒患者283人，其中60人已死亡，受害居民已达1万人左右。水俣病对人们的残害使好多家庭妻离子散、家破人亡。在日本的报刊杂志上迄今还时有水俣病后患的报道。
水俣发生的是水俣病，1956年发生的，熊本县水俣市化学工厂把污水排到海里，当地人食用海鱼以后出现的有机水银中毒事件。这个水俣病是日本有名的四大公害病之一。前后死了100多人，患病者数以万计。
长崎发生的应该是原子弹爆炸吧，别的没什么著名事件了，1945年8月9日，美国轰炸机在长崎投下了原子弹，使长崎成为全球第二个受原子弹轰炸的城市，除了对市区的严重破坏，也造成七万多人死亡。
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